Notre plateforme de découverte de médicaments ReSOLVE allie notre expertise en biologie structurale et en sciences des protéines à nos outils de chimie computationnelle brevetés afin de briser le plafond qui limite actuellement la découverte de médicaments à petites molécules, c’est-à-dire trouver des sites de liaison prometteurs sur des protéines qui adoptent de nombreuses conformations transitoires et concevoir de petites molécules qui se lient de manière sélective à ces sites. Nous sommes ainsi en mesure de découvrir de nouvelles molécules à visée thérapeutique qui agissent sur des cibles encore inexplorées sur le plan pharmacologique ou pour lesquelles les substances chimiques actives sont largement perfectibles.

L’hydrocophore :
un « plan » pour la conception de petites molécules

 

Les hydrocophores sont les structures de solvatation des sites de liaison qui se trouvent sur une cible protéique. Avec ReSOLVE, nous avons la capacité d’extraire ces hydrocophores et de les utiliser comme gabarits pour concevoir des petites molécules. La plateforme nous permet de comprendre la forme, la polarité et la pharmacopotentialité des sites de liaison à un niveau de résolution inédit.

Des criblages virtuels efficaces qui génèrent de nouveaux composés chimiques

 

L’hydrocophore permet de cribler virtuellement des chimiothèques de milliards de composés. Le résultat est un ensemble de petites molécules prioritaires ayant une forte probabilité de liaison au site d’intérêt. Par la suite, nous ne soumettons qu’un nombre limité de composés (quelques dizaines seulement) à des essais in vitro en laboratoire, ce qui nous permet de réduire les coûts et le temps nécessaires pour tester les éventuels composés actifs et optimiser ceux qui seront prometteurs. En définitive, ce processus nous permet d’augmenter notre efficience globale.

ReSOLVE, une résolution inégalée

 

Expertise en sciences des protéines : conception des médicaments fondée sur la structure grâce à des outils de pointe

Afin de tirer pleinement parti de nos outils uniques d’analyse de la dynamique moléculaire sans restrictions et de la solvatation, nous avons besoin d’informations de très grande qualité sur la structure des cibles protéiques.

Ventus dispose d’une expertise interne approfondie dans les domaines de l’ingénierie, de l’expression et d’élucidation structurale des protéines. Cet atout nous a permis de déterminer les structures en haute résolution de cibles complexes, telles que NLRP3 et cGAS, et de concevoir des médicaments à partir de la structure de ces protéines.

Nous sommes capables, au moyen de notre plateforme ReSOLVE, non seulement de résoudre à l’interne des structures protéiques déterminées expérimentalement, mais également de raffiner des structures prédites par calculs.

 

Dynamique moléculaire sans restrictions : modélisation et « clustering » des nombreuses conformations d’une protéine en mouvement

Les simulations informatiques des protéines en mouvement produisent des millions de conformations à évaluer. D’autant plus que bon nombre des méthodes actuelles de « clustering » des conformations mènent à des configurations qui n’existent pas dans la nature, et conduisent ainsi à une impasse dans le processus de découverte de médicaments.

La plateforme ReSOLVE permet de combler cette lacune en modélisant, sans introduire de biais, un large ensemble de configurations d’une protéine dynamique, y compris celles qui sont rares.

 

Modélisation précise de la structure de solvatation dynamique des sites de liaison 

Les méthodes traditionnelles de sélection de petites molécules qui peuvent se lier à des sites sur les protéines ne sont pas conçues pour tenir compte de l’importance de la nature dynamique d’une structure de solvatation à l’intérieur d’un site de liaison.

ReSOLVE répond à ce problème en modélisant la structure dynamique de solvatation de chaque conformation pour repérer les « hydrocophores», des plans tridimensionnels des sites de liaison.

La plateforme ReSOLVE permet de découvrir des médicaments à partir de l’hydrocophore :
  • Structures protéiques de haute résolution
  • Nouvelles conformations de protéines dynamiques
  • Modélisation précise de la structure de solvatation d’un site de liaison
  • Criblage virtuel efficace de chimiothèques de grande envergure
  • Identification de nouveaux composés chimiques
  • Réduction du temps et des coûts par rapport aux méthodes traditionnelles